O estudo detalhado das estruturas celulares só foi possível com o advento dos microscópios eletrônicos (ME), que permitem observar as células com aumentos muito maiores. Isso é possível porque os microscópios eletrônicos utilizam feixes de elétrons para analisar o objeto a ser estudado, em substituição aos feixes de luz. Os microscópios eletrônicos podem ser de transmissão ou de varredura. Os de transmissão são empregados para analisar estruturas cortadas em fatias muito finas. Já os de varredura são empregados para analisar a superfície do corpo dos seres vivos, das células e até mesmo das moléculas. O material a ser analisado ao ME deve ser devidamente fixado e corado com sais de metais pesados que propiciam contrastes nas estruturas das células, tornando-as menos permeáveis aos feixes de elétrons. As estruturas mais coradas são vistas em preto ou cinza-escuro e as menos coradas , em tons de cinza-claro. A imagem é vista em uma tela e pode ser impressa como fotografia. Como são sempre em preto-e-branco, essas fotografias podem ser posteriormente coloridas artificialmente , buscando-se evidenciar ainda mais as estruturas celulares. As fotografias obtidas com o uso dos diferentes tipos de microscópios são chamadas micrografias. Quando tiradas pelo microscópio de luz, fala-se em micrografia de luz ou fotomicrografia. Quando tiradas pelo microscópios eletrônico, fala-se em micrografia eletrônica ou eletro-micrografia.
